En 1959 fue designado obispo de la Diócesis de San Cristóbal de Las Casas , en el estado de Chiapas, México.[2] Esta diócesis se caracteriza por su extrema pobreza y por tener una población mayoritariamente indígena. Durante años estableció un sistema de ayuda de la diócesis hacia la población indígena. Aprendió algunas lenguas indígenas como el chuj, el tsotsil, el chol o el tojolabal y comenzó a celebrar misas empleándolas. También impulsó la traducción de la Biblia y evangelización en zonas fronterizas, con lo que se crearon comunidades que trabajaban en temas de salud y educación.[3] Trabajó con otros religiosos en la teología de la liberación.[3]
En la década de los años ochenta y noventa, en la pastoral social de Ruiz se formaron algunas de las primeras organizaciones no gubernamentales dedicadas a la protección de los derechos humanos en México, por ejemplo el Centro de Derechos Humanos Fray Bartolomé de las Casas (Frayba) en 1989.[4